La formación de profesionales médicos en nuestro país y su desarrollo en los establecimientos de salud de Chile se inició durante el período de la Colonia en la Universidad Real de San Felipe, la que funcionó hasta 1809. En 1833, se creó la primera escuela de medicina de la Universidad Real de San Felipe en dependencias del antiguo Instituto Nacional.
Casi diez años después, se formalizó la enseñanza de esta profesión con el nacimiento de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile (1842), vinculándose con el Hospital San Francisco de Borja en la formación de sus estudiantes y el desarrollo de las primeras especialidades en salud del país; vínculo que, desde inicios del siglo XX, se generó también con el Hospital de Niños Manuel Arriarán, avanzando en la profesionalización de diversas especialidades pediátricas.
Tras la fusión de ambos hospitales, nuestro HCSBA profundizó los lazos con la Facultad de Medicina de la U. de Chile y, actualmente, el plantel mantiene un convenio asistencial docente a través del Campus Centro, en el que se imparte docencia de pregrado y de postgrado en Medicina Interna y sus subespecialidades de Gastroenterología, Infectología, Cardiología y Reumatología, adicionalmente de las actividades regulares de investigación; Cirugía General y Coloproctología; Oncología Ginecológica; Pediatría, Cirugía Infantil y Neurología Pediátrica, más las subespecialidades infantiles en Gastroenterología, Neonatología y Nutrición Clínica; Ortopedia y Traumatología, y Urología, entre muchas otras.
Se suma a ello la formación de otros profesionales de la salud de carreras como Enfermería, Obstetricia y Puericultura, Nutrición, Tecnología Médica y Fonoaudiología.
Además, en dependencias del hospital, se encuentra el Instituto de Investigaciones Materno-Infantil (IDIMI), unidad que desarrolla importantes avances en materia de fertilización asistida a mujeres de la red de asistencia pública.